Это один из самых важных параметров, выбирая планшетный компьютер.
iOS - планшеты Apple оснащены операционной системой iOS, которая очень удобная, быстрая, но в тоже время закрытая система, которую невозможно конфигурировать и расширять. Зато iOS предлагает наибольшее количество приложений (apps). iOS соединена с Apple облачным сервисом, где в основном всё платное.
Android это Google разработанная операционная система, похожая на iOS, только с возможностью многое менять. К тому же Android хорошо соединена с бесплатными сервисами Google - Gmail, Picasa, Youtube, Maps, Google+, Contacts, Calendar u.c. Количество пользователей Andoid стремительно растёт, поэтому это очень перспективная операционная система.
Windows - классическая система Microsoft Windows, которая позволяет использовать привычные аппликации .EXE на планшете. Но правда, они сейчас больше подходят к настольным компьютерам, поэтому выбирайте Windows толко тогда, когда есть какая то программа Windows, без которой вы не можете.
Другие (Bada, MeeGo, WebOS, BrewMP, Symbian). На данный момент существуют другие экзотические операционные системы. Учитывайте, что большая часть рынка уже завоёвана, поэтому будьте внимательны, выбирая другую операционную систему кроме iOS, Windows или Android, так как, в отличие от классических компьютеров в большей части планшетов операционную систему менять невозможно.